Bilkent Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde lisans çalışmalarını tamamladıktan (2003) sonra, aynı üniversitede Halil İnalcık’ın danışmanlığında Batı Akdeniz’deki Osmanlı korsanlarını incelediği tez ile yüksek lisans diplomasını aldı (2006). Ardından Georgetown Üniversitesi Yeniçağ Avrupa Tarihi kürsüsünde Gábor Ágoston ile yazdığı “Espionage in the 16th century Mediterranean: Secret Diplomacy, Mediterranean Go-Betweens and the Ottoman-Habsburg Rivalry” başlıklı tez ile doktor oldu (2012).

İstihbarat, korsanlık, kölelik, ihtida, gemi teknolojisi, Osmanlı – Avrupa ilişkileri ve Akdeniz serhaddi gibi konular üzerine çalışan Prof. Dr. Gürkan, 14. Kadir Has Ödülleri’nde Gelecek Vadeden Bilim İnsanı Ödülü’ne layık görülmüştür. Aynı yıl Sultanın Casusları adlı kitabı Türkiye Bilimler Akademisi Bilimsel Telif Eser Ödülü’nü alırken, kendisi de gene Türkiye Bilimler Akademisi’nin verdiği Üstün Başarılı Genç Bilim Adamı Ödülü’ne hak kazanmıştır.

İngilizce, İtalyanca, İspanyolca, Almanca ve Türkçe yazılmış bilimsel makalelerin yanı sıra, Prof. Dr. Gürkan’ın Sultanın Casusları ve Sultanın Korsanları adlı akademik inceleme kitapları bulunmaktadır. Bu iki kitap İngilizce, Rusça, Macarca ve Ukraynacaya çevrilmiş ve Sultanın Casusları Ukrayna’da “Yılın Kitapları Listesi”ne girmeyi başarmıştır. Bunu Herkes Bilir, Ezbere Yaşayanlar, Cumhuriyet’in 100 İsmi ve Cumhuriyet’in 100 Günü gibi daha geniş kitleler için yazdığı kitaplar da “En Çok Satanlar” listesinin başına yerleşmeyi başarmıştır.

Uzun yıllardır içerik üreticiliği de yapan Gürkan, 2011 yılında Ottoman History Podcast’i kurmuş ve burada Osmanlı ve Ortadoğu tarihi üzerine uzmanlaşmış dünya çapındaki tarihçilerle 500’ün üstünde röportaj gerçekleştirmiştir. 2019’dan bu yana Youtube’da da düzenli olarak program yapan Gürkan halen Omnibus’ta tarih, etimoloji, edebiyat ve tarihi filmler üzerine programlar yapmaktadır. Son olarak, Kanal D’de yayınlanan Fatih ve Netflix’te yayınlanan Rise of Empires: Ottomans dizileri gibi ulusal ve uluslararası çapta çeşitli yapımlara tarih danışmanlığı yapmıştır.